Si tratta di un raro esempio di lago carsico privo di fiumi superficiali che fungano da immissari e da emissari: un altro esempio di lago sui generis è quello di Cerknica, nella Carniola interna. Le acque affluiscono in esso attraverso delle risorgive e fiumi sotterranei oltre all'apporto pluviale; il deflusso viene invece garantito da cavità sotterranee ed evaporazione. L'idrologia del lago di Doberdò è stata oggetto di diversi studi e ricerche.
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